У свом вјековном постојању Мост Мехмед-паше Соколовића претрпио је више пута велика разарања и оштећења.
Највеће разарање мост је доживио за вријеме Другог свјетског рата када су „порушени трећи, четврти, пети и шести стуб са пет лукова“.
Радови на обнови моста почели су 1949. године. Због великих оштећења и оскудног документарног материјала, реконструкцију моста пратили су небројени проблеми и потешкоће. Шести стуб је био потпуно разорен и могао се радити само при најнижем водостају; за портал и софу документарна грађа била је непотпуна. Ипак, највише полемике и дилема било је око изгледа ограде моста. Стручњаци су одлучили да се у потпуности уклони ограда од плоча постављена у аустроугарско вријеме, а да се цијелом дужином моста постави ограда од истог материјала од кога је изграђен мост.
Умјесто старе калдрме, мост је поплочан гранитном коцком; електрични и телефонски водови стављени су испод коловоза и успјешно је реконструисана силазна рампа на лијевој обали.
Радови на мосту, упркос свим потешкоћама и одступањима, завршени су 1952. године.
На реконструкцији моста, која је трајала неколико година, радила су два сарајевска грађевинска предузећа.
Мање је позната чињеница да је војска тадашње државе учествовала и дала велики допринос у реконструкцији једног од најзначајнијих споменика културе из турског периода.